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有机化合物的化学发光试剂,有机化合物的同系物结构和性质相似，使单一组分的测定碰到困难，因此有机化合物同系物的分析常与 HPLC 相结合。有机酸的化学发光分析，一般是先将其衍天生荧光物质经色谱分离后进行化学发光检测。但衍生法有如下的缺点 : (1) 衍生反应不完全 ; (2) 衍生物稳定性差，要求及时检测 ; (3) 限制了分离方法和条件的选择。由于衍生产物的性质与待测物不同，导致分离效率和分辨率下降，同时增加分析的时间和劳动强度。在临床医学上，草酸是一个重要的检测项目，可以直接用氧化化学发光反应测定尿液和草酸二乙酯中的草酸盐及游离的草酸。另外还可以测定苯酮尿症病人的尿液的苯丙酮酸的含量，方法是先在碱性条件下将苯丙酮酸氧化成 1 ， 22 二氧杂环丁烷类化合物，然后裂解产生化学发光。另外可以将 Fe （ III ）草酸配合物光解得到 Fe (II ) ，催化鲁米诺－过氧化氢化学发光反应，此法线性范围为 0 . 1 ～ 100uM 。此外酶联偶合反应也可以用于某些有机酸的化学发光分析。
有机碱化学发光试剂,胺类化合物*离子化电势呈如下规律 : 伯胺 > 仲胺 > 叔胺，并随碳链增长，离子化电势逐渐下降，因此叔胺化合物的检测限较低，达 0 . 28 pM 。胺类化合物的分析 ( 见表 4) ，较多的是经柱前衍生天生荧光衍生物，分离后用过氧草酸盐化学发光体系检测，也可将其天生希夫碱或其它产物氧化而发光。有些碱如肾上腺素等可直接氧化而发光。通常有一个经验规则，假如一物质具有荧光或其反应产物有荧光，该物质一般可发生化学发光反应，但也有例外。嘌呤碱是核酸的基础物质，因此对嘌呤碱的分析测定将推动 DNA 分析方法的发展。在酸性醇液中腺嘌呤与苯甲醛反应，然后用过氧化氢氧化反应产生化学发光，此法具有很好的选择性，线性范围为 1 . 5×10 － 7 ～ 5 . 0×10 － 7 M ，用此法测定鸟嘌呤灵敏度比荧光法高 20 倍。
氨基酸化学发光试剂,氨基酸分析方法的改进有利于推动生物技术、基因工程、 DNA 重组和基因克隆等的发展。由于尽大多数氨基酸没有内源荧光特性，因此用过氧草酸盐体系测定氨基酸需将其衍天生荧光物质，但此法避免不了衍生法所固有的缺点。此外亦可通过测定氨基酸与氨基酸氧化酶反应产生的过氧化氢来测定氨基酸的含量，如 L 2 氨基酸经反相色谱柱分离后流经 L 2 氨基酸氧化酶反应器产生过氧化氢，然后用过氧草酸盐体系检测。氨基酸与 Ru (b ipy) 3+3 反应，用活动注射化学发光法检测，相对于脯氨酸和天冬酰胺检测限可分别达到 20 pmo l 和 50 pmo l 。一般来说，仲胺反应产生的的发光强度比伯胺大。对氨基酸上取代基性质研究表明，给电子基有利于增强化学发光强度。
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